Der Geschäftsführer und sein Stellvertreter führen hauptamtlich die laufenden Verwaltungsgeschäfte, soweit Gesetz oder sonstiges für den Versicherungsträger maßgebendes Recht nichts Abweichendes bestimmen, und vertreten den Versicherungsträger insoweit gerichtlich und außergerichtlich.
Beide werden auf Vorschlag des Vorstandes und nach Herstellung des Einvernehmens mit der Bayerischen Landesunfallkasse von der Vertreterversammlung der Kommunalen Unfallversicherung Bayern gewählt. Der Geschäftsführer und sein Stellvertreter nehmen die Aufgaben für die beiden Unfallversicherungsträger in Personalunion wahr.
Geschäftsführer ist Herr Direktor Elmar Lederer, stellvertretender Geschäftsführer ist Herr stellvertretender Direktor Martin Trunzer.